Sejarah munculnya nama Desa Lenteng Timur, pada dasarnya tidak dapat dipisahkan dari sejarah munculnya nama Lenteng yang merupakan kecamatan dari Desa Lenteng Timur. Perbedaannya dengan desa-desa yang lain, yang masih ada dalam ruang lingkup Kecamatan Lenteng, Desa Lenteng Timur berada disebelah Timur Lenteng dan cukup dekat dengan area Kecamatan Lenteng, dengan jarak 3 km dari pusat pemerintahan Kecamatan Lenteng. Jadi legenda munculnya Lenteng Timur, kemungkinanbesar tidak jauh berbeda dengan Lenteng Barat , dilihat dari kondisi ekonomi, latar belakang pendidikan, sosio kultural, pembangunan dan lain sebagainya yang ada di Lenteng Timur, walaupun ada sedikit perbedaan dalam hal-hal tertentu. Perbedaan itu merupakan bagian integral Desa Lenteng barat dengan Desa Lenteng Timur, bahkan dengan desa-desa yang lain, yang berada di Kecamatan Lenteng. 

Nama Lenteng dalam sejarah Sumenep masih dalam perdebatan para tokoh masyarakat Lenteng. akan tetapi menelik dari segi bahasa, kata Lenteng dapat didefinisikan berawal dari kata "Klenteng", dimana Klenteng tersebut sebagai tempat sarana peribadatan para etnis Tionghoa. Asal muasal nama Lenteng sampai saat ini masih menjadi perdebatan dikalangan tokoh masyarakat, yang disebabkan kaum mayoritas penduduk Kecamatan Lenteng beragama Islam dan penganut NU Sunni. 

Desa Lenteng Timur adalah desa yang penduduknya paling padat dibandingkan desa-desa yang lain yang ada di wilayah kecamatan Lenteng. adapun silsilah atau urutan pemerintah Desa Lenteng Timur yang berlangsung selama ini dan tercatat di arsip desa adalah sebagai berikut:

1. Moh. Sihad ( Kurang lebih 16 Tahun)
2. H. Moh. Syafi'uddin (21 Tahun)
3. Asmu'i (8 Tahun) 
4. H. Moh. Mahfudz (6 Tahun)
5. Akhmad Mu'amar ( Sampai Sekarang)